Ten etap remontu był powiązany z naprawą ściany za organami. Pierwotnie były w niej 4 okna: duże półkoliste oraz 3 mniejsze. Jak podają kroniki - duże półkoliste okno uszkodził wiatr i w 1930 roku zostało zamurowane (na tym miejscu na elewacji zewnętrznej umieszczono Oko Bożej Opatrzności). Pozostałe 3 okna zostały zamurowane z zewnątrz w 1949 roku. Było to zalecenie Archidiecezjalnej Komisji Muzycznej, która dokonywała odbioru prac remontowych przy organach.
Na skutek niekorzystnych warunków jakie istniały przed zamurowaniem okien (zaciekanie, wilgoć, nagrzewanie, przewiewy) ucierpiały także organy. Pierwszy rząd drewnianych piszczałek (głos Subbas 16') wymagał już wymiany, a odpadający ze ściany tynk wpadał do instrumentu i powodował kolejne problemy.
Zakres wykonanych prac:
- demontaż piszczałek 6 głosów II Man i 2 głosów pedału
- demontaż wiatrownicy pedału
- zabezpieczenie instrumentu na czas prac murarskich
- wykonanie nowych mocowań wiatrownicy i dodatkowego podparcia na środku
- wykonanie nowego kanału doprowadzającego powietrze do wiatrownicy pedału
- demontaż i czyszczenie pozostałej części instrumentu,
- konserwacja piszczałek drewnianych
- wykonanie nowego aparatu włączającego głosy sekcji pedału
- wykonanie nowych ławeczek głosu Quinte 22/3
- wykonanie nowych piszczałek głosu Subbas 16'
- montaż intonacja nowych piszczałek
- korekta intonacyjna i strojenie całego instrumentu